A limpeza de edificações é a principal atribuição do Departamento Operacional (DEOP). É responsável pela execução de serviços de limpeza técnica hospitalar, por processo de desinfecção ou descontaminação em conformidade com as normas da Anvisa, nas unidades das secretarias municipais de Saúde, Desenvolvimento Social, Meio Ambiente e Gestão.
Executa mutirões de limpeza em finalização de obras e, também, limpeza predial em locais de eventos promovidos pela Administração Municipal e por terceiros.
Por meio de contratos específicos com a Secretaria Municipal das Prefeituras Regionais (Sepref), o Deop realiza o serviço de instalação e operação de sanitários públicos móveis nas feiras livres de Santos e em eventos cívicos, esportivos e culturais organizados pela Prefeitura.